Safia Boudaoui est titulaire d'une Maîtrise universitaire en langue, littérature et civilisation arabes de l'Université de Genève. Son travail de fin d'études, dirigé par le Prof. Bruce Fudge, et intitulé : Il s'est renfrogné. Une lecture rhétorique de la sourate 'Abasa (LXXX), a été distingué par le prix Marcel Compagnon des langues, littératures et civilisations orientales.

En novembre 2019, Safia Boudaoui a intégré le Centre Suisse d'Islam et Société (CSIS) en qualité de doctorante. Sa thèse est intitulée De la pureté à l'aumône : les trajectoires historico-sémantiques du terme coranique zakāt, et est menée sous la direction du Prof. Amir Dziri, en co-direction avec le Prof. Mehdi Azaiez (Université Catholique de Louvain). Cette recherche doctorale développe l'hypothèse selon laquelle la signification de la zakāt comme aumône constitue le résultat d'une construction historique et normative complexe. Cette recherche se distingue par son approche méthodologique rigoureuse, s'appuyant sur l'analyse d'un vaste corpus de sources documentaires et textuelles rédigées en arabe, en hébreu et en araméen, mais également par son inscription délibérée dans une perspective pluridisciplinaire, articulant les méthodes et outils de la philologie, de l'histoire et des humanités numériqu