Christiana Fountoulakis est titulaire d'une licence (2000), d'un doctorat (2004) et d'une habilitation en droit (2009) de l'Université de Bâle. Après avoir travaillé comme assistante dans cette même Université (2000-2003) et effectué un stage auprès d'un tribunal de district (2004), Madame Fountoulakis a occupé le poste de professeure assistante, financé par la Fondation Max Geldner à la Faculté de droit à Bâle (2004-2009). Durant cette période, elle a également travaillé auprès du cabinet d'avocats Wilmer Hale, à Londres. En 2009-2010, elle a enseigné comme professeure invitée auprès du Center for Transnational Legal Studies, à Londres, ainsi qu'à la Bucerius Law School, à Hambourg (septembre-octobre 2009).
Depuis le 1er août 2010, Christiana Fountoulakis est professeure ordinaire à l'Université de Fribourg et titulaire de la Chaire de droit civil I. Elle a également été professeure invitée au sein de plusieurs institutions, notamment à l'Université de Paris XII (2009-2012) et à la Waitako University en Nouvelle-Zélande (2013).
Elle est ou a été chargée de cours pour de nombreuses universités, telles que la Formation universitaire à distance, Suisse (depuis 2006), l'UFL Liechtenstein (2011-2013) et à la Faculté de médecine de l'Université de Fribourg (depuis 2012).
Depuis 2010, elle enseigne au sein du Master of Laws in Cross-Cultural Business Practice (MLCBP) des Universités de Fribourg, Berne et Neuchâtel.
En 2010, la Professeure Fountoulakis a reçu le prix Sofja Kovalevskaja de la Fondation Alexander von Humboldt en Allemagne (retourné). La même année, elle a été nommée l'un des "40 top talents scientifiques" dans le magazine Capital Unternehmermagazin (12/2010).
La Professeure Fountoulakis est membre de nombreuses institutions, notamment du Conseil de recherche ainsi que de la commission Marie Heim-Vögtlin du Fonds national suisse de la recherche scientifique (FNS), de la Commission cantonale de la transparence et de la protection des données (Fribourg) et de la Direction et du Conseil de l'Institut de la famille (Fribourg). Elle est directrice du CAS en médiation de l'Université de Fribourg.
Elle est membre du comité de rédaction des journaux European Journal of Law Reform (EJLR), FamPra.ch et Internationales Handelsrecht (IHR).