Le Zentrum St. Nikolaus travaille en continuité avec l'Institut Ostkirchliches de Regensburg (OKI) : l'ISO n'a pas seulement appris beaucoup de l'OKI ; elle a également repris les archives de Regensburg, qui sont disponibles pour d'autres recherches sur 50 ans de travail de l'Eglise orientale, et entretient des contacts avec les anciens membres de l'OKI. Le 3 juin 2015, un "Accord de coopération entre l'Institut d'études œcuméniques de l'Université de Fribourg et l'Institut des Eglises orientales de Ratisbonne" a été signé. De plus, en coopération avec le prélat Wyrwoll, le catalogue ORTHODOXIA de tous les évêques orthodoxes du monde entier sera mis à jour dans le nouveau centre d'études et sera également disponible en ligne sur www.orthodoxia.ch 
C'est surtout le "Centre d'études des Eglises orientales" qui a repris l'orientation structurelle de l'OKI : D'un point de vue catholique, il offre aux théologiens orthodoxes une plateforme académique leur permettant de connaître l'Église et la théologie de l'Occident à partir de leur propre expérience et de repenser leur propre tradition ecclésiastique et théologique dans la perspective de la "diaspora", de la développer de manière créative et de la représenter en tant qu'acteurs indépendants dans le dialogue.

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