​Une tâche importante d'un jardin botanique est l'engagement pour les plantes menacées de disparition. Dans ses activités pour la conservation, le Jardin botanique de l'Université de Fribourg collabore étroitement avec le Centre national de données et d'informations sur la flore de Suisse (www.infoflora.ch) et avec l'office cantonal pour la protection de la nature et du paysage.

​Par le terme de culture ex situ, on entend la culture d'espèces en dehors de leur environnement naturel. La culture ex situ d'espèces, suivie de leur réintroduction dans une biocénose naturelle constitue une mesure permettant de prévenir l'extinction d'espèces. Cependant, la culture ex situ de plantes sauvages ne peut en aucun cas être considérée comme une mesure de substitution des actions de protection des populations naturelles (populations in situ). Idéalement, protection in situ et conservation ex situ constituent des démarches complémentaires. La culture ex situ d'espèces menacées semble particulièrement indiquée lorsqu'elle est le prélude à la réimplantation dans des sites appropriés, à l'intérieur du domaine historique de distribution.