​Eine wichtige Aufgabe Botanischer Gärten besteht in der Erhaltung seltener Pflanzenarten. Der Botanische Garten Freiburg arbeitet hierzu eng mit dem nationalen Daten- und Informationszentrum der Schweizer Flora (www.infoflora.ch) und mit dem Büro für Natur- und Landschaftsschutz des Kantons Freiburg zusammen.

​Unter ex situ-Kultur versteht man die Kultur von Arten ausserhalb ihres natürlichen Lebensraumes. Ex situ-Kulturen und anschliessende Wiederansiedlung von Arten ermöglichen es, das Aussterben von Arten zu verhindern. Die ex situ-Kultur von Wildpflanzen darf allerdings keinesfalls als Ersatz für Massnahmen zum Schutz bestehender Populationen in der Natur (in situ) betrachtet werden. Im Idealfall ergänzen sich in situ-Schutz und ex situ-Erhaltung. 
Besonders sinnvoll erscheint eine ex situ-Kultivierung gefährdeter Arten dann, wenn diese anschliessend an geeigneten Orten innerhalb des historischen Verbreitungsgebietes wieder ausgebracht werden.