Le conservateur du Musée jurassien des sciences naturelles (MJSN), à Porrentruy, collabore étroitement avec paléojura compte tenu du rôle prépondérant de cette institution cantonale pour la conservation du patrimoine naturel jurassien. Le musée sera appelé par ailleurs à assurer la gestion des découvertes paléontologiques mises à jour dans le cadre des fouilles de l'A16.

Les fouilles menées sur le tracé autoroutier sont de la compétence de la Section d'archéologie et paléontologie de l'Office de la culture. Compte tenu des liens évidents entre ces fouilles et la démarche de valorisation, le responsable de la Paléontologie A16 est aussi intégré, à temps partiel, au projet.

Paléojura est par ailleurs accompagné par deux structures de suivi; le Comité paléojura et la Cellule de pilotage. Chaque structure assure une fonction complémentaire afin de guider et de concrétiser la valorisation du patrimoine paléontologique.