Die Schleimhaut im Rectum ist etwas dicker als im Colon; die Krypten sind entsprechend länger dafür aber weniger dicht gelagert. Plicae semilunares (Haustren) und Tänien fehlen. Dagegen gibt es im Rectum meist drei unverschiebliche Plicae transversales, an deren Aufbau ausser der Schleimhaut und der Submucosa auch die Ringmuskulatur beteiligt ist. Follikuli lymphatici solitarii sind im Rectum noch häufiger als im Colon. Weil das Rectum meist extraperitoneal ist, fehlt eine Peritonealüberzug und an seiner Stelle findet man eine Tunica adventitia.

Im anschliessenden Anus geht das Epithel wieder in ein zuerst unverhorntes mehrschichtiges Plattenepithel über, wobei der Übergang von beiden Epithelarten in wechselndem Ausmass überlappend sein kann. Weiter unten geht dieses unverhornte Plattenepithel in ein verhorntes über, besitzt aber ausser Talgddrüsen noch keine anderen Hautanhangsgebilde. Nach aussen schliesst die perianale Haut an, die stark pigmentiert ist und mit Haaren, Talgdrüsen, ekkrinen und apokrinen Schweissdrüsen ausgestattet ist.